水井坊酒业遗址被国务院列为“全国重点文物保护单位”与水井坊遗址同列为全国第五批重点文物保护单位的还有西汉帝陵、金中都水关遗址、四堡书坊建筑、四连碓造纸作坊等。水井坊遗址以其独特的历史、科技、文化价值和不可复制的宝贵资源，被列入其中。自1961年，由国务院颁布第一批全国重点文物保护单位以来，截止目前，共公布了六批全国重点文物保护单位名录。